食道-胃连接处（EGJ）腺癌的病因学与胃癌的病因学有些不相同的地方。胃癌的发生相当一部分与HP（幽门螺旋杆菌）感染有关；而在EGJ区也包括Barrett食管发生的腺癌多数与慢性胃-食管返流（返流性食管炎）有关。

由于返流的慢性刺激，EGJ区糜烂和增生周而复始地反复发生，先可以发生腺体化生或上皮的腺样化生，可见肠化，在EGJ区更易见到幽门腺化生，腺细胞呈立方或矮柱状，胞质染色淡而偏碱性。这样的化生EGJ的近端胃也可见到。

EGJ区，从非肿瘤性化生到异性增生（上皮瘤变），从上皮瘤变到浸润癌，从早期浸润到晚期浸润，都或多或少保留有化生腺的某些形态特点。所以在活检诊断时比较困难。

在胃的活检甚至大标本中，见到这样腺癌比EGJ处少得多，但还是可以见到这样的形态（发育不良样僵硬的腺管形态）。

看到这样的形态，用传统的腺管形态的比例和细胞异型程度来判断分化程度，常与临床病理生物学行为不相符合。从某种意义上说，可能这样的形态被视为是中-低分化管状腺癌的性质。这种形态的癌与传统腺癌的区别还可从临床生物学行为反映出，内镜下一个糜烂状或息肉状病灶（不见深溃疡），实际上可能肿瘤浸润管壁（或胃壁）全层，甚至发生转移，预后比较差。