在消化系统炎症性病变中需要鉴别的有2个，一个是Crohn's病，早期Crohn's病的诊断要点有肠镜下的特点，Granoloma的形态，大小，位置及周边的粘膜腺体的变化及有无炎症，还有淋巴滤泡等的变化。需与其鉴别的有 1）TB ;   2)Sarcoid。

另一个是溃疡性结肠炎(UC)，UC的病理变化有炎症的弥漫程度，炎症细胞的种类，炎症的粘膜层的位置（即表成还是深层），隐窝或隐窝旁脓肿，杯状细胞的数量，及腺体的形态，萎缩等来诊断，但要注意一点是仅有隐窝或隐窝旁脓肿是不能诊断为U.C，因为很多的炎症性病变都伴有 隐窝或隐窝旁脓肿，即中晚期C.D，Infectious Colitis也常出现这种变化，一定要综合分析。常与其混淆的有Infectious Colitis,但其炎症细胞在粘膜层的位置不同也完全可以鉴别，个别病例除外。

所以我们在日常工作中，对已切除的大标本的诊断意义不大，也都会诊断，临床也知道诊断，即使我们不发报告，关键在于如何诊断早期的 IBD。但并不是全部的 IBD 都会得到满意的诊断，但在大部分情况下，在肠镜的小标本是完全可以诊断的。