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有人做过肿瘤组织NGAL的反转录PCR吗?RT-PCR过程中遇到的问题

dongchengxiyou 离线

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楼主 发表于 2010-12-16 11:26|举报|关注(0)
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求助:有人做过肿瘤组织NGAL的反转录PCR吗?

我在实验中遇到了点问题,我选的NGAL引物是130BP,跑出来的电泳在100BP一下,而且出现拖尾,怀疑是引物二聚体。问题一:是因为我的PCR 条件不对吗?顺便说下,我做的退火条件是50度。

文献中没有条件,现在才在摸。听老师说退火温度是Tm 值减去5,我按照Tm=2(A+T)+4(C+G),是56,那么我是不是应该按退火温度为51,再做一次?另外,我还应该注意什么?非常感谢!!

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medman_2010 离线

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1 楼    发表于2010-12-17 17:29:00举报|引用
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 其实所有RT-PCR的原理是一样的。

首先保证RNA的质量(这个很重要),可走一个胶

RT按试剂盒一般没问题

PCR的引物你就用PRIMER 5一般没问题,

你说你的primer长度130bp是不是写错了,一般20-30左右吧,

我觉得你先做一个内参(GAPDH)看它是否扩增出来,检测一下你的系统是否工作,再分析这次不成功的原因

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dongchengxiyou 离线

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2 楼    发表于2010-12-18 16:58:00举报|引用
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 我选的内参就是GAPDH,但是没有条带,只有Marker 有条带。我的引物是19bp,扩增片段总长为132bp
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