回复:0 阅读:2604
2018年1月25-29日 青岛大学 基因组;转录组;数据分析培训通知

liyongjun304 离线

帖子:6
粉蓝豆:10
经验:6
注册时间:2017-10-26
加关注  |  发消息
楼主 发表于 2018-01-12 15:16|举报|关注(0)
浏览排序[ 顺序 逆序 楼主 支持 精彩 ]  快捷回复

 

“基因组与转录组高通量测序应用最新技术与数据分析”


    章节

   内 容

生物信息学介绍

生物信息学介绍与前沿技术动态

序列的比对

1、全局比对  Clustalw,Muscle,Hmmer

2、局部比对  Blast, Sim4,Genewise

3、序列比对算法分析

 

 

基因组/基因注释分析

1、新一代测序技术原理和数据处理介绍

2、基因组拼接与组装

基因组de novo组装方法

重复序列分析技术

3、 RNA分析
  tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA

RNA干扰,SiRNA预测技术
  4、基因预测
  原核:Glimmer,真核:Genescan,   Augustus
  5、 基因功能注释及常用的数据库介绍

基因组学研究概述

 

1、structural genomics: 结构基因组学

2、functional genomics: 功能基因组学

3、Drug discovery: 药物研发

4、Personalized medicine:个性化、精细医疗

 

DNA测序技术-转录组分析的进化

1、第一代测序技术:Sanger测序原理

2、第二代测序技术:Illumina,454, Ion Torrent原理

3、第三代测序技术:PacBio, Hellicos原理

4、第四代测序技术:     Oxford NanoPore原理

5、其他技术Hybridization based methods (NabSys)

Experimental   procedure for   transcriptomic analysis

Introduction

Number of duplications

Sequencing coverage

Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)

Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)

IsoSeq Experimental design

Data analysis  (part 1):data pre-processing

 

evaluation of data quality 数据分析

Data format,fasta,fastq,quality   value,gff3 Data cleanup

Quality filter, trimmer, clipper

 

Data analysis (part 2):reference free analyses(无参转录组分析)

Gene discovery

Trinity de novo transcriptome assembly

Analysis of Differential Expressed Gene (DEGs)

Abundance estimation using RSEM

Differential expression analysis using EdgeR

Explore the results (cummerbund)

MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)

hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene   expression profiles.

 

使用R语言进行生物信息学相关的分析

使用R语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等。

生物信息学专业图KEGG、GO等的绘制方法与运用R语言进行实现

基因组可视化软件circos的使用

 

使用circos绘制基因组圈图

生物信息学专业常用工具及绘图方法

应用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换;

学BioEdit、WeGO等常用生物学专业软件的图表及格式转换


报名办法及费用: 

每人¥3900元(含报名费、资料费、培训费、考试费),住宿可统一安排,费用自理。请各有关部门统一组织本地区行政、企事业单位报名参加培训,各单位也可直接报名参加,报名回执表请传真至会务处。


地点:青岛大学
联 系 人 :  李永军
联系电话: 18513478760
邮箱:zky_im@vip.126.com
祝:工作顺利,身体健康!!!

*有感兴趣的人员可以联系李永军老师,我把具体的红头文件邀请函发给您~

标签:生物信息 生命科学 分子生物学 基因组学 转录组学
0
添加参考诊断
×参考诊断
  
回复:0 阅读:2604
【免责声明】讨论内容仅作学术交流之用,不作为诊疗依据,由此而引起的法律问题作者及本站不承担任何责任。
快速回复
进入高级回复
您最多可输入10000个汉字,按 "Ctrl" + "Enter" 直接发送
搜索回复/乘电梯 ×
按内容
按会员
乘电梯
合作伙伴
友情链接