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DNA倍体分析速度的影响

曾文超 离线

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楼主 发表于 2015-11-02 09:31|举报|关注(0)
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影响DNA倍体分析速度的因素有很多,总的来说,分为软件算法、硬件质量、计算机配置、标本质量等4个方面。。标本质量是其中最重要的一环,直接影响其它三个方面,造成标本分析速度上的巨大差异。

1.标本细胞数量太少。标本细胞数量太少,可能会造成两种后果。一:扫描速度比正常标本快很多,二:扫描速度比正常标本慢很多。听起来似乎很矛盾,但它确实同时存在。

比正常标本快,是因为细胞数量少了,需要计算的细胞数量少,计算机行有余力,一个视野刚刚扫描完,细胞就已经分析完了,当然速度就快了。

比正常标本慢,那是因为细胞数量少了,有可能产生大量空白视野,空白视野是无法聚焦的,谁也不知道细胞在哪个地方。这样计算机就会花费大量的时间去寻找细胞,甚至会跑焦。速度自然就慢了。

比正常标本慢,还有一种可能是,正常标本也许扫描一半的视野就收集了足够多的细胞,扫描结束了。而细胞数量不足的标本,则需要扫描完整张玻片,花费的时间自然要长一些。

因此,细胞数量少也要看情况。要看和什么样的标本对比。

2.细胞数量多。细胞数量多,也要看情况。

细胞数量多,但是还在计算机承受范围以内。据我的经验,按照目前的计算机配置,细胞总数在5万以内(不是上皮5万,也许30万细胞里面只有1万上皮,但是计算机要计算的是30万,1万是计算的结果)。计算机能够流畅运行。此时,如果5万细胞里面上皮比例很高,2~3分钟就能结束扫描,如果上皮比例很低,大约6~7分钟完成全片扫描。

细胞数量多,超出计算机处理速度。此时会造成大量未分析的细胞积压,就像交通阻塞一样,速度会越来越慢,个别情况下直至死机。根据计算机之间的差异,这个细胞数量在20万~50万之间不等。

细胞数量介于流畅运行与大量积压之间的,则扫描时间不同程度延长,大约在10分钟左右。

3,标本很厚。如果细胞制片很厚,那么计算机在聚焦的时候会感觉每一层都是清晰的,都有大量细胞,哪一层才是正确的呢,这时它会不停的相互对比,以找出它认为最合适的一层,无形中拖慢了速度。然后扫描下来的细胞都是成团成块的,需要花费大量的精力去切割与分析。速度更慢。因此,标本过厚速度也会下降。

4.染色IOD值不正常。IOD值不正常,不管快慢,结果都是不准确的,碰到这种就不用扫了。

 
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