DNA非整倍体的出现是遗传基因变异所致的，也是染色体异常改变的标志。DNA-ICM通过对DNA含量测定来掌握和了解肿瘤细胞遗传基因变异过程。因此，DNA非整倍体的定量分析可作为一种评估肿瘤愈后的指标。在大多数宫颈鳞状细胞癌及HSIL病例中均可发现DNA倍体异常细胞。非整倍体细胞的出现象征着染色体结构和数量出现异常变化，也是细胞恶变的早期特征。有人报道在HSIL病例中如有DNA倍体异常细胞，最终可发展成浸润性宫颈癌。因此，这类病例要进行相应的临床处理。

DNA作为遗传物质，其结构和功能的异常，是细胞恶变的分子基础。在癌变过程中，染色体非整倍体的出现起非常重要的作用。最近有关对CIN的研究证实，通过原位杂交的方法检测出伴有1号和7号染色体异常的宫颈鳞状细胞病变，最终均有可能发展为宫颈癌。Heselmeyer等人用比较基因杂交（comparative genomic hybridization,CGH）分子细胞遗传学方法在宫颈高级别不典型增生、原位癌及浸润癌病例中发现HPV16型感染后可在染色体3q位点上出现变异基因。1997年发表的另一项研究结果表明，宫颈浸润性鳞状细胞癌II-IV期的病例中也发现上述类似情况。宫颈癌最常见的变异为染色体3q位点上有增加基因。随着宫颈癌的进一步发展，其它染色体变异也可发生，如在1q和5p位点上的基因片段增加，在3q36～37位点上的基因缺失。此外，在宫颈癌的病例中，可发现许多不同片断的染色体基因的增多或缺失