1.   其它因素引起的非整倍体细胞

 某些病毒的感染如HPV、HIV感染，可引起＞5c的非整倍体细胞。另外，放射治疗、激素治疗和维生素B₁₂缺乏等都可引起非整倍体细胞。这种非整倍体细胞与肿瘤性非整倍体细胞是不一致的，当这些因素去掉后，细胞可恢复到正常。这些因素往往只引起散在的＞5c细胞，而不会形成非整倍体细胞峰。因此，当发现有非整倍体细胞后，首先要排除这些因素，方可做出正确诊断。

2.   整倍体肿瘤细胞：DNA-ICM较难判别整倍体肿瘤细胞，尤其是二倍体肿瘤。

3.   DNA-ICM硬件和软件：重叠细胞或成团细胞的分割目前还有一定的困难，因此DNA-ICM往往将这类细胞归纳为垃圾而不参加诊断。这种情况往往出现在腺癌的病例，腺癌细胞往往成团在一起，由于DNA-ICM不能将成团细胞分割开，因此诊断时需要在垃圾细胞序列中重新诊断。