病变主要在表皮，表皮高度增生而伸入真皮，其周围真皮结缔组织受压而形成假包膜，并被分为多个梨状小叶，真皮乳头受压，而成为小叶间的异常狭窄的间隔，基底细胞大致正常，自棘层细胞起逐渐变性，在早期，感染细胞开始有卵圆形小体形成，以后细胞体积逐渐增大，胞核固缩，最后整个胞质均为嗜酸性包涵体 (软疣小体)所占据，在表皮中部，软疣小体已超过受累细胞原有的体积，细胞核被挤于一侧，固缩成新月形，甚至完全消失，在粒层水平处，软疣小体自嗜酸性变成嗜碱性，角质层内可有很多嗜碱性软疣小体，因并非所有棘细胞都有上述变性，故在细胞中间仍可见少数角化不良的细胞，在病变中央，变性细胞可脱落而形成中央腔隙并与各梨状小叶相通，真皮无变化。