子宫内膜间质结节是由分化好的子宫内膜间质细胞组成，排列成界限清楚的结节，边缘光滑，非浸润性。显微镜下：子宫内膜间质结节的主要鉴别特征是膨胀性、非浸润性光滑的边界。不同于间质肉瘤的浸润性不规则边界。偶尔可以出现指状突起。构成肿瘤的细胞与增殖期子宫内膜间质细胞一样，其大小，形状和染色均匀一致，没有细胞非典型性。子宫内膜间质结节通常富于血管，但是没有血管浸润，有时可以出现腺样结构。富于细胞的平滑肌瘤与子宫内膜间质结节可能难以鉴别。平滑肌瘤有束状结构，含有裂隙样间隙和厚壁肌性动脉，有与周围子宫肌层相融合的不规则轮廓，肿瘤细胞经常与大血管中层融合。而子宫内膜间质肿瘤能够通过血管外膜与血管中层分开。