甲状舌管囊肿是由于各种原因所致甲状舌管退化不全，在颈部甲状腺与舌骨间的残留后形成的囊肿。囊肿也可位于舌骨上方、胸骨上方及舌内。巨检：囊肿内壁光滑，囊内容物很大程度上取决于被覆上皮的类型，多为清亮液体或粘液，也可为胶冻样或黄色浆糊样物合并感染者囊内含脓性和坏死物质。显微镜下：囊壁被覆假复层纤毛柱状上皮、鳞状上皮或立方上皮，少数可被覆移行上皮或混合性上皮。甲状舌管囊肿壁内常可找到甲状腺滤泡和粘液腺。囊肿可继发感染、破溃形成窦道或瘘，其被覆上皮脱失，间质有炎细胞浸润。但囊壁内淋巴细胞相对较少。诊断甲状舌管囊肿时应注意与鳃裂囊肿鉴别，鳃裂囊肿位于颈外侧，以胸锁乳突肌的前缘较为多见，与舌骨无关。囊壁通常被覆鳞状上皮，纤毛柱状上皮较少见。上皮下有丰富的淋巴组织，常伴有生发中心形成。位于下颈部的鳃裂囊肿可含有粘液腺、浆液腺和皮脂腺等。