目前,突变扩增阻滞系统(amplification refractory mutation system,ARMS)已成为国际上肿瘤个体化分子检测最重要、最先进的技术之一,其在临床应用中的优势已被业内专家广泛认可。
ARMS技术利用特异引物对突变靶序列进行高精准PCR扩增放大,与此同时,利用探针对扩增产物进行检测,在实时荧光定量 PCR平台上实现对样品DNA中稀有突变的检测,以达到对基因突变检测的高特异性和高灵敏度。ARMS方法检测灵敏度明显高于直接测序法等其他方法(表1),可检测出样品中含量低至0.1-1.0%的突变基因;该方法在设计上可以最大限度地缩短目标产物的长度,可以解决石蜡包埋组织标本提取的DNA大部分片段化而无法得到准确检测结果的难点;该方法结合实时PCR平台实现扩增时闭管操作,操作简单,无需产物的后处理,能最大程度地避免扩增产物的污染。目前,全球只有两家企业拥有ARMS技术和相应产品,厦门艾德生物医药科技有限公司拥有自主知识产权的ADx-ARMS专利——引物改造技术、独特的缓冲体系以及二次扩增放大的多重设计,厦门艾德凭借ADx-ARMS®技术成功开发了一系列的分子诊断产品(ADx®-EGFR、ADx®-KRAS、ADx®-BRAF等),是我国首批获得国家药监局《医疗器械注册证》和欧盟认证的产品,已在我国100多家三甲医院使用,并远销30多个国家和地区;跨国制药公司阿斯利康等国内外知名机构通过对ADx®-EGFR等产品的严格对比和论证,认为艾德生物医药的技术和产品均已达到国际先进水平,其用于检测EGFR、KRAS、BRAF等基因突变具有简单、方便、快速、灵敏的优点,仅需90分钟即可得到准确结果,故易于在临床开展。
表1 基因突变检测方法灵敏度及费用的比较。
注:
① ADx-ARMS®为厦门艾德具有完全自主知识产权的环形引物双扩增技术;scorpion ARMS 为DxS公司的ARMS技术
② 此表整理自中国医学科学院梁智勇教授执笔的《中国非小细胞肺癌患者表皮生长因子受体基因突变检测专家共识》ADx-ARMS产品使用注意事项。
检测所用DNA的质量非常重要。由于肿瘤的复杂性,所采集的临床样品往往会混有正常组织细胞,不同类型样品正常细胞混杂程度不同,而且提取的DNA纯度和质量也因样品类型而改变,尤其是用福尔马林固定的石蜡切片样品,福尔马林会对DNA有交联和降解作用,因此请按下面推荐样品类型顺序收集样品并提取DNA用于检测:新鲜病变组织>冰冻病理切片>石蜡包埋病理组织或切片>胸水、血浆、肿瘤脱落细胞。
一般DNA用量以10 ng/反应为宜,但对于提取质量较差,应相应增加DNA用量。尤其是福尔马林固定的石蜡病理样品,因为福尔马林对DNA的交联作用,该类样品中的DNA较易片段化和降解,虽然紫外分光光度计测量的浓度DNA较高,但实际加入反应中的有效DNA量并不足够。
建议在每次PCR反应中,每份样品和阳性质控品(STD)、阴性对照(NTC,自备纯化水)共同进行分析。应该严格区分阳性质控品和反应试剂的使用,防止污染试剂,造成假阳性。
实验时注意防止外源DNA对试剂的污染,注意先加完样品DNA后再进行阳性质控品的操作。推荐在制备反应试剂和添加DNA模板时,使用单独、专用的移液枪和滤芯枪头。进行反应试剂制备的地点应当与添加模板的地点相隔离。
所有化学药品都具有潜在的危险性。具有PCR实验室上岗证的人员才能使用本试剂盒。在首次使用本试剂盒前,公司技术支持人员对操作者进行培训。操作时,请穿着合适的实验室工作服、并佩戴一次性手套等防护性措施。使用过的试剂盒为临床废弃物,应该妥善处理。
PCR实验室应具有3个不同的分区,分别为试剂准备间、样本制备间、扩增间。3个分区应存在压力差,试剂准备间>样本制备间>扩增间。
目前,突变扩增阻滞系统(amplification refractory mutation system,ARMS)已成为国际上肿瘤个体化分子检测最重要、最先进的技术之一,其在临床应用中的优势已被业内专家广泛认可。
ARMS技术利用特异引物对突变靶序列进行高精准PCR扩增放大,与此同时,利用探针对扩增产物进行检测,在实时荧光定量 PCR平台上实现对样品DNA中稀有突变的检测,以达到对基因突变检测的高特异性和高灵敏度。ARMS方法检测灵敏度明显高于直接测序法等其他方法(表1),可检测出样品中含量低至0.1-1.0%的突变基因;该方法在设计上可以最大限度地缩短目标产物的长度,可以解决石蜡包埋组织标本提取的DNA大部分片段化而无法得到准确检测结果的难点;该方法结合实时PCR平台实现扩增时闭管操作,操作简单,无需产物的后处理,能最大程度地避免扩增产物的污染。目前,全球只有两家企业拥有ARMS技术和相应产品,厦门艾德生物医药科技有限公司拥有自主知识产权的ADx-ARMS专利——引物改造技术、独特的缓冲体系以及二次扩增放大的多重设计,厦门艾德凭借ADx-ARMS®技术成功开发了一系列的分子诊断产品(ADx®-EGFR、ADx®-KRAS、ADx®-BRAF等),是我国首批获得国家药监局《医疗器械注册证》和欧盟认证的产品,已在我国100多家三甲医院使用,并远销30多个国家和地区;跨国制药公司阿斯利康等国内外知名机构通过对ADx®-EGFR等产品的严格对比和论证,认为艾德生物医药的技术和产品均已达到国际先进水平,其用于检测EGFR、KRAS、BRAF等基因突变具有简单、方便、快速、灵敏的优点,仅需90分钟即可得到准确结果,故易于在临床开展。
表1 基因突变检测方法灵敏度及费用的比较。
注:
① ADx-ARMS®为厦门艾德具有完全自主知识产权的环形引物双扩增技术;scorpion ARMS 为DxS公司的ARMS技术
② 此表整理自中国医学科学院梁智勇教授执笔的《中国非小细胞肺癌患者表皮生长因子受体基因突变检测专家共识》ADx-ARMS产品使用注意事项。
检测所用DNA的质量非常重要。由于肿瘤的复杂性,所采集的临床样品往往会混有正常组织细胞,不同类型样品正常细胞混杂程度不同,而且提取的DNA纯度和质量也因样品类型而改变,尤其是用福尔马林固定的石蜡切片样品,福尔马林会对DNA有交联和降解作用,因此请按下面推荐样品类型顺序收集样品并提取DNA用于检测:新鲜病变组织>冰冻病理切片>石蜡包埋病理组织或切片>胸水、血浆、肿瘤脱落细胞。
一般DNA用量以10 ng/反应为宜,但对于提取质量较差,应相应增加DNA用量。尤其是福尔马林固定的石蜡病理样品,因为福尔马林对DNA的交联作用,该类样品中的DNA较易片段化和降解,虽然紫外分光光度计测量的浓度DNA较高,但实际加入反应中的有效DNA量并不足够。
建议在每次PCR反应中,每份样品和阳性质控品(STD)、阴性对照(NTC,自备纯化水)共同进行分析。应该严格区分阳性质控品和反应试剂的使用,防止污染试剂,造成假阳性。
实验时注意防止外源DNA对试剂的污染,注意先加完样品DNA后再进行阳性质控品的操作。推荐在制备反应试剂和添加DNA模板时,使用单独、专用的移液枪和滤芯枪头。进行反应试剂制备的地点应当与添加模板的地点相隔离。
所有化学药品都具有潜在的危险性。具有PCR实验室上岗证的人员才能使用本试剂盒。在首次使用本试剂盒前,公司技术支持人员对操作者进行培训。操作时,请穿着合适的实验室工作服、并佩戴一次性手套等防护性措施。使用过的试剂盒为临床废弃物,应该妥善处理。
PCR实验室应具有3个不同的分区,分别为试剂准备间、样本制备间、扩增间。3个分区应存在压力差,试剂准备间>样本制备间>扩增间。