免疫组化在乳腺疾病病理诊断中的应用主要用于以下几个方面：

⑴区分乳腺原位癌与浸润癌

⑵区分导管和小叶性肿瘤

⑶鉴别普通导管、小叶增生和导管、小叶原位癌

⑷乳腺梭形细胞肿瘤的鉴别

⑸转移性乳腺癌与乳腺转移性腺癌的鉴别

⑹前哨淋巴结的评估

⑺ 与乳腺癌治疗及预后评估相关的免疫组化检测

㈠区分乳腺原位癌与浸润癌

乳腺最基本的构成和功能单位是小叶和终末导管组成的终末导管小叶单位（TDLU)。正常乳腺整个腺管系统均被覆腺上皮和肌上皮两层细胞。肌上皮是连续的基膜，基膜外有疏松的结缔组织包绕即间质。大部分乳腺疾病均发生于TDLU，病变时常引起TDLU构型，细胞成分及形态的改变。

如同正常乳腺腺管系统，几乎所有乳腺良性增生性病变和原位癌均有肌上皮和基膜。当发生间质浸润时，癌细胞穿过肌上皮细胞并且突破基膜。浸润癌通常缺乏肌上皮，。目前最实用的肌上皮标记有：SMA,calponin,P63，SMMHC,其他肌上皮标志如s-100,cd10高分子角蛋白敏感性和特异性不强。，另有报道Maspin蛋白，WT-I也可以标记肌上皮但特异性不高。

由于许多肌源性抗体与血管和肌纤维母细胞有交叉反应，常出现假阳性。P63，SMMHC的交叉反应最小，因此联合使用两种抗体有助于避免假阳性。但若此两种抗体没得到明却结果，可使用敏感性更强但特异性稍差的caiponin和SMA.

当免疫组化在肿瘤细胞巢周围没有显示肌上皮时，支持浸润。然而有时确实难以判断肌上皮是真缺乏还是假缺乏（如被挤压或因切面问题所致）。下列特点支持肌上皮细胞真缺乏：1.中至大肿瘤细胞巢或多个肿瘤细胞巢的周围胃检测到肌上皮细胞。2.两种不同的肌上皮标记均无表达，。 少数分化差的浸润性导管癌和某些特殊类型的乳腺癌（包括腺样囊性癌，低级别腺鳞癌，恶性腺肌上皮瘤，恶性肌上皮瘤和梭形细胞化生癌）可有肌上皮分化。这些肿瘤有肌上皮分化的特点可避免误认为良性或原位癌。某些良性病变，如微腺性腺病，旺轵性腺病，不典型乳头状瘤等也可以缺乏或部分丧失肌上皮，判读免疫组化时一定要结合HE.