首先免疫组化染色结果的观察、染色结果的判定需要丰富的经验，免疫组化染色最终是否能得到正确的结论，关键还要看对染色结果如何评价。拿到一张免疫组化染色切片后应该核查一下染色反应是否成功（这也是免疫组化室内质控的一个主要环节）。评价染色反应是否成功最好比较同一张切片中存在的正常组织，就是所谓的内阳性对照，比如CD34染色时查看肿瘤中血管阳性的表达等等。当然，也有组织缺乏内阳性对照，若对染色反应有疑问只能选用另外的阳性对照片核实。若内（或外）阳性对照组织免疫反应阴性，瘤组织阳性则表明假阳性；瘤组织阴性则表明假阴性。如有阳性对照染色阳性，瘤组织反应才属真实。除了观察内阳性对照外，还要看内阴性对照是否有非特异反应。要特别注意，如果用以生物素-链霉菌抗生物素蛋白链接的辣根过氧化物酶（Biotin-Streptavidin-HRP）检测系统，如：SP、ABC法就行染色，一定要注意内源性生物素造成的非特异性染色（如在肝、肾富含线粒体的细胞等）。总而言之，只有阳性对照染色阳性，阴性对照又基本阴性，这样的染色结果才可信。

其次，一定要结合HE染色切片确定免疫反应阳性的组织或细胞是否为肿瘤或有意义的组织/细胞。如果肿瘤成分较多，与周围间质界限清楚时容易确定阳性反应，但若肿瘤成分较少，弥散存在，可能会将周围反应性成分或残余组织的阳性反应误认为肿瘤阳性，导致错误的诊断。一般来讲免疫组化染色阳性结果较阴性结果更有意义，因为阴性结果可能缘于许多因素，可能抗原的确不存在，或抗原含量低，组织处理时抗原丢失，染色方法不敏感或操作有误。应用于鉴别诊断或证实诊断的免疫组化染色多为定性观察，定量没有太大意义，常常不论阳性反应的细胞数量或染色强度如何，只要是真实的阳性表达，定位正确，都对诊断有帮助，但用于预后判断，增值指数、激素受体等检测的免疫组化染色（ER，PR，Ki-67，C-erbB-2等等）不仅要做定性观察，还应该做定量评价才对临床有价值。

最后，免疫组化染色结果必须建立在组织阳性对照和阴性对照实验有效的基础上，这是正确判断染色结果的前提。只有当阳性对照呈阳性反应，阴性对照呈阴性反应，且背景清晰时才能从正反两面说明抗体的稀释度和效价准确、染色方法和步骤准确无误、无交叉反应及非特异性染色。免疫组化染色结果为病理诊断辅助信息，当免疫组化染色结果与HE诊断不相符或发生矛盾时，应以HE诊断为标准，而不能简单的用免疫组化染色结果推翻、否定HE诊断，应在多做抗体标记并结合临床资料及实验室影像学检查等全面综合分析再做出正确诊断。