脊髓的室管膜瘤常发生于颈段和颈一胸段，但黏液乳头型发生在圆锥一马尾处。

乳头状室管膜瘤该型肿瘤少见，以形成乳头状结构为特点，血管周围绕一层肿瘤细胞。靠近血管的瘤细胞突GFAP 阳性。免疫组化染色可帮助鉴别诊断脉络丛乳头状瘤(角蛋白阳性)、转移性乳头状癌(角蛋白阳性，GFAP阴性)和乳头状脑膜瘤(上皮膜抗原阳性)。

透明细胞型室管膜瘤肿瘤细胞组织学特点像少突胶质细胞，可见核周空晕。该亚型好发于年轻人的幕上位置。透明细胞型室管膜瘤需与少突胶质细胞瘤、中枢神经细胞瘤、透明细胞癌和血管母细胞瘤相鉴别。室管膜和血管周围菊形团免疫组化染色GFAP 阳性，电镜研究有助于鉴别诊断。透明细胞室管膜瘤亚型以前分类为室问孔室管膜瘤，现在大部分肿瘤为中枢神经细胞瘤。