PubMed检索系统简介


                        PubMed 检索系统 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed /

PubMed系统是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的用于检索MEDLINE、PreMED-LINE数据库的网上检索系统。MEDLINE是美国国立医学图书馆（U.S.National Library of Medicine）最重要的书目文摘数据库，内容涉及医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学。收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊，现有书目文摘条目1000万余条，时间起自1966年。

PreMEDLINE是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断地接受新数据，可为用户提供基本的文献条目和文摘，其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次。

PubMed还通过电子通讯方式接受出版商提供的文献条目数据，这种条目带有[MEDLINE record in process]的说明，并标有[Record as supplied by publisher]的标识。这种条目每天都在不停地向PreMEDLINE数据库中传送，但其中有些条目由于超出了MEDLARS数据库的收录范围，将永远不会被PreMEDLINE或MEDLINE条目所取代，例如在综合性的科学杂志（Science或Nature）上发表的地理学文章等。

PubMed 系统的主要特点
PubMed 检索
Details 键的用法
存储检索策略--URL 键的用法
特征栏（Feature Bar）介绍
检索结果的显示、存盘、打印

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PubMed 系统的主要特点

1.词汇自动转换功能（Automatic Term Mapping）

在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将按顺序使用如下4种表或索引，对检索词进行转换后再检索。

（1）MeSH转换表（MeSH Translation Table），包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和TextWord词（题名词和文摘词）进行检索。例如：键入“Vitamin h"，系统将其转换成"Biotin [MeSH Tems] OR Vitamin h [Textword]"后进行检索。

（2）刊名转换表（Journal Tanslation Table），包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE缩写[Journal Name]"后进行检索。如：在检索提问框中键入：“new england journal of medicine", PubMed将其转换为"N Engl J Med [Journal Name]"后进行检索。

（3）短语表（Phrase list）。该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统（UMLS: Unified Medical Language System）和补充概念（物质）名称表[Supplementary Concept (Substance) Name]。如果PubMed 系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找短词表。

（4）著者索引（Author Index）。如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有1~2个字母的短语，PubMed即查著者索引。如果仍然找不到匹配词，PubMed就会把该词断开后再重复上述自动词汇转换过程，直到找到与键入的词语相匹配词语为止。若仍然没有匹配词，单个词会被联一起（用AND）在全部字段中检索。

如："single cell"，系统就会自动将其分成两个词：“single“和“cell”检索，其检索表达式为：“single AND cell”。要查验检索词的转换情况，可点击“Details”键。

2.截词检索功能

PubMed 允许使用“*”号作为通配符进行截词检索。如：键入“bacter *”，系统会找到那些前一部分是bacter的单词（如bacteria, bacterium, bacteriophage等），并对其分别进行检索。如果这咱词少于150个，PubMed会逐个词检索，若超过150个（如：Staph*）,PubMed将显示如下警告信息：“Wildcard search for 'term*' used only the first 150 variations. Lengthen the root word to search for all endings"。截词功能只限于单词，对词组无效。如：“infection*”包括“infections”，但不包括“infection control”等。

使用截词功能时，PubMed系统会自动关闭词汇转换功能。

3.强制检索功能

如上所述，在PubMed主页的检索提问框中键入一个短语后点击“Go”，系统会高速用自动转换功能查找到相应的匹配词后再进行检索；但是，当键入的词语无匹配词时，PubMed就会将键入的词语断开后再重复上述自动词汇转换过程，若仍然没有匹配词，系统就将短语分解成单词，再用AND联在一起在全部字段中检索。很明显，这样检索的结果是不符合用户要求的。因此，PubMed允许使用双引号（“”）来强制系统进行短语检索。例如，在PubMed主页的检索提问框中键入“Single cell”，并用双引号引起来，然后点击“Go”，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。

使用双引号检索，会自动关闭词汇转换功能。

4.链接功能

（1）链接相关文献。PubMed系统中的每条文献记录均有一个相关文献链接，在检索结果的显示状态下，每条记录的右边均有“Related Articles”超链。点击该链，系统按文献的相关度从高到低显示相关文献。利用检索史（History）按钮能进一步限制相关文献。点击“History”，把相关检索式的编号录入检索提问框，然后再键入附加条件词，最后点“Go”。如在检索提问框中键入“#7 AND english[la]”，可将检索进一步限定在英文文献范围内。

（2）链接NCBI（National Center for Biotechnology Information）数据库。PubMed在其主页上与NCBI的5个数据库建立了超链接。这些数据库包括：Protein[氨基酸（蛋白质）序列]数据库，Nucleotide(DNA序列)数据库，Popset(种群、种系发生或突变序列)数据库，Structure（分子结构模型）数据库和Genome(基因组序列)数据库。

（3）链接外部资源。PubMed提供从检索结果到期刊全文、生物学数据、序列中心等的链接。该功能通过链接上述资源站点的方式来实现。在检索结果显示状态下，点击“LinkOut”进入相关网站。

（4）链接相关图书。点击“Books”，可参考相关书籍的文摘页。书籍文摘页上的某些短语是超链接，点击短语超链，可连到相关图书的页码表，可在表上找到有关短语。

此外，PubMed系统允许用户查看被引期刊名称表，点击主页上的PubMed Journal Brower即可，PubMed向用户提供期刊的缩写名称和ISSN号。

PubMed 检索

PubMed系统检索范围：MEDLINE数据库和PreMEDLINE数据库。

1.词语（主题）检索

在PubMed主页的提问框中键入英文单词或短语（大写或小写均可后回车或点击“Go”， PubMed即使用其词汇自动转换功能进行检索，并将检索结果直接显示在主页下方。例如：键入“vitamin c common cold”后回车或点击“Go”， PubMed开始检索并将检索结果显示出来。

如果检索结果不符合要求，可以在提问框中增加或删除词语，或者在Details状态下（参见Details键的用法）来修改检索式，也可使用“Limits”（参见Limits的用法）选择限定条件后再进行检索。此外，用户可根据需要使用通配符“*”或双引号进行截词检索或强制检索。

2.著者检索

在提问框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写，格式为：著者姓空格名字首字母缩写，例如smith ja，然后回车或点击Go，系统会自动到著者字段去检索，并显示检索结果。
如果在录入了著者的姓氏，系统将首先在MeSH转换表中查找该著者的姓。查到后，系统检索主题字段和题名与文摘字段，否则，系统将在全部字段中检索。

如果在著者姓名前后使用双引号，并用著者字段标识——[au]加以限定，如“smith ja”[au]，那么系统只检索著者字段。

3.刊名检索

在提问框中键入刊名全称或MEDLINE形式的简称、ISSN号，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524，然后回车或点击Go,系统将在刊名字段检索，并显示检索结果。如果刊名与MeSH词表中的词相同，例如：Gene Therapy、Science或Cell等，PubMed将把这些词作为MeSH词检索。在这种情况下，需要用刊名字段标识——[ta]加以限定，如“gene therapy[ ta ]”。

单个词的刊名也需要用[ ta ]限定，如：Scanning[ ta ]。否则，系统将在全部字段中检索。使用刊名全称或MEDLINE简称可检索到数据库中的全部相关记录。使用ISSN号进行检索，则不能保证检到数据库中较早的记录。

若刊名有括号，录入时应将括号省略。如：J Hand Surg[ Am ]应键入 J Hand Surg Am。

4.布尔逻辑检索

PubMed系统允许使用布尔逻辑检索，但要在提问框中键入布尔逻辑运算符（AND，OR或NOT）。如：vitamin c OR zinc。

布尔逻辑检索的运算顺序为从左至右，但可使用圆括号来改变其运算顺序。如common cold AND (vitamin c OR zinc), 圆括号中的检索式最先运算。

布尔逻辑检索允许在检索词后附加字段标识以限定检索字段（字段标识要用方括号括起来，位于检索词这后）。其检索表达式的格式为：检索词[字段标识]布尔运算符检索词[字段标识]。如：dna[ mh ] AND crick [au ] AND 1993 [ dp ]; 又如：ansthma/therapy[ mh ] AND review[ pt ] AND child, preschool[ mh ]。各种字段标识见表1。

表1 字段标识一览表

字段标识 字段名称 简要说明
AD Affiliation 第一责任者的工作单位、地址，合同号
ALL All Fields 全字段
AU Author Name 著者姓名
RN EC/RN Number 酶学委员会分配给特定酶的编号和化学文献社的登记号
EDAT Entrez Date 录入PubMed系统数据库的日期
FILTER Filter 由PubMed系统链接的外部资源站点所使用的用来限
定文献的技术标识
IP Issue 期刊的期号
TA Journal Title 期刊名称或IISN号
LA Language 语言文种
MHDA MeSH Date 标引MeSH主题词的日期
MAJR MeSH Major Topic 主要MeSH主题词
MH MeSH Terms 全部MeSH主题词
PG Page Number 期刊页码
PS Personal Name as Subject 人名主题词
DP Publication Date 文献出版日期
PT Publication Type 文献类型，包括综述、临床试验、通信等
SHP Subheadings MeSH副主题词
SI Secondary source ID 用于限定检索与PubMed系统中的文献条目相关的分
子序列资源数据库（如Genbank[ si ]）和/或该数据库
中的存取号（如：AF001892[ si ]）
**** Subset 用于限定检索PubMed下属的文献数据库（包括
MEDLINE，PreMEDLINE, Publisher和AIDS数据
库）。如：Publisher[ **** ];aids[ **** ]
NM Substance Name 化学物质名称
TW Text Words 题名词和文摘词
TI Title words 题名词
UID Unique Identifiers PubMed系统或MEDLINE数据库惟一记录标识号，即
PMID或UI。单独用其检索时，该标识可以省略。但当
用该号与其他词一同检索时，必须使用[ uid ],如：smith[ au ]
AND (10403340[ uid] OR vaccines[ mh ])。
VI Volume 期刊卷号

5.日期或日期范围检索

在提问框中键入日期或日期范围，然后回车或点击Go，系统在日期字段检索，并将符合条件的记录予以显示。日期字段共有3种不同标识：[ mhda ]、[ dp ]和[ edat ]。

日期的录入格式为YYYY/MM/DD[日期字段标识]；如：1999/09/08[ edat ]也可以不录月份和日子，如：2000[dp]或1999/12[mhda]。

日期范围的录入格式为：日期，如：1999：2000[dp]或1999/12[edat]

6．检索期刊子集（辑）

检索式的格式为：检索词AND jsubseta,如：neoplasms AND jsubseta。可供检索的期刊子库有3种：Abridged Index Medicus(有120种重要核心期刊)、Dental和Nursing。分别使用jsubseta, jsubsetd, jsubsetn进行限定。

7．检索带文摘的记录

检索式的格式为：检索词AND hasabstract, 如：liver cancer AND hasabstract。1975年前出版的文章，其MEDLINE记录中没有文摘。

Details 键的用法

Details用于查看PubMed的检索策略。即，在提问框中键入的检索词被PubMed自动地转换成了那些词，并使用了什么样的检索规则和检索语法。此外，使用Details键可以对检索策略进行编辑，然后再一次检索。在PubMed Query框内显示的是PubMed实际使用的检索策略和语法。该框下有四个区域：Result区显示检索结果的记录总数，点击这个数字，可回到检索结果显示屏；Translation区显示检索词转换的详细情况；Dataabase区显示检索的数据库；User Query 区显示用户键入的检索词或检索式。

要对检索策略进行编辑可直接使用鼠标点击PubMed Query框中的检索策略，将其增加、删除或修改后点击Search键。如：在其后加上“AND 2000[ dp ]",点击 Search键。

存储检索策略--URL 键的用法

在PubMed Query状态下，点击URL键，PubMed返回检索结果显示状态。检索策略将会显示在提问框中并作为URL的一部分保存起来。然后用浏览器的书签功能把URL保存为一个书签，最后用浏览器的编辑功能为其重命名即可。

用编号代表的检索策略，如：#10 or # 2 AND notpubref[ **** ],在检索史（History）被删除后也会随之丢失。

特征栏（Feature Bar）介绍

特征栏（Feature Bar）包括条件限定（Limits）、预览/索引（Preview/Index）、检索史（History）和粘贴板（Clipboard）4种功能设置。

1．“条件限定”（Limits）的用法 点击Limits，系统显示多咱限定条件供用户选择，各限定选项的含义参见表1。其中，“Entrez Date”指录入系统的日期；“Publication Date”指出版日期：“Only items with abstracts”指只检索那些有文摘的记录（1975年前出版的文章的记录中没有文摘）；“Subsets”指只检索PubMed下属的文献数据库（包括 MEDLINE，PreMEDLINE, Publisher和AIDS数据库）。

如果选择了Limits,其左边的选择框内则显示“（”。若要取消选择，点击该框即可。注意事项：

（1）选择了“出版物类型”、“年龄”、“性别”、“人或动物”中的任何一项，检索将限制在MEDLINE数据库中进行，PreMEDLINE则被排除在外。因为这些特征限制只有MEDLINE中才有。PreMEDLINE中的条目尚未完成标引，未含这些数据。

（2）“Subsets”下拉菜单允许做如下限制：“AIDS”限制在艾制滋病文献库；“AIM”限制在AIM（Abridged Index Medicus）引用的120种重点核心期刊文献库；“Dental”限制在牙科学文献库；“MEDLINE”限制在MEDLINE数据库；“Nursing”限制在护理学文献库；“PreMEDLINE”限制在PreMEDLINE数据库；“Publisher”限制在出版商提供的文献数据库；“PubRef”限制在PubRef范围内。选择PubRef，除了要求系统检索PubMed中的数据库外，同时要求系统通过链接检索较广范围的科学（如物理学、天文学等）期刊文献，以及出版机构站点的文献全文。但要获得文献全文则需要交费。

2．“预览/索引”（Preview/Index）的用法

该特征的功能是：

（1）在显示条目之前预览检索策略和检索结果的记录数：在提问框内键入检索词后，点击Preview/ Index，显示检索策略和检索结果的记录数。点击记录数超链，系统显示检索结果。

（2）修改检索策略：在“All Fields”下拉菜单中选择一个检索字段，然后在提问框内增加检索词，点击Preview键，系统显示新一次检索结果的记录数。这样反复进行，直到检索结果记录数量令人满意为止。

（3）从索引表中选词检索：在“All Fields”下拉菜单中选择一个检索字段，然后在提问框内键入词语，点击Index键，系统显示相应字段的索引词表。

用鼠标点亮其中一个检索词，然后，点击合适的逻辑运算符（AND、OR或NOT），被点亮的词会自动加进检索提问框中。如果使用运算符OR，系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词（按下Ctrl键点击每个词即可），当需要的词全部点亮后，点击运算符号可以将其加到提问框中。然后点击Preview键，系统显示新检索结果数。

还可以从其他检索字段中选择词汇，不断增加到检索提问框中，直到满意为止。最后点击Preview查看检索结果记录数，或点击Go显示检索结果。

3．“检索史”（History）的用法

History主要用于查看检索策略，也可用于查看检索结果记录数量。点击History，显示检索史：检索号、检索策略、检索时间和检索结果数。要查看检索到的记录，直接点击检索结果数即可。

在History状态下，可以将检索式用逻辑运算符连接起来后再检索。如在提问框中键入#6 OR（drug therapy OR diet therapy），然后点击Go。要清除检索史，请点击Clear History键。

注意事项：PubMed最多可保留100个检索式，超过100个时自动删除最早的检索式。

4．“粘贴板”（Clipboard）的用法

Clipboard是在一次检索中存放检索结果的地方，以便于集中存盘、打印或订购原文时使用。粘贴板最多能存放500条记录。只要粘贴板中有记录，就可点击Clipboard查看其中的记录（记录为Summary格式）。粘贴板按记录存放的先后顺序显示记录题录。

要把检索结果全部存入粘贴板中，只需直接点击Add to Clipboard键。如果要把部分检索结果存入粘贴板，需要点击该记录左边的选择框后，再点击Add to Clipboard键。完成后，记录编号的颜色变绿。

（1）将粘贴板中的检索结果存盘 点击Clipboard，系统显示暂时存放在粘贴板中的记录，选择显示格式（显示格式有6种，系统默认Summary格式，即题录格式，见图15-17），然后点击Display键。以Summary格式显示时，记录按录入PubMed的日期降序排列。

检索结果可以按Summary下拉菜单中的某种格式全部显示或存盘（不需要选择记录），也可经选择后部分显示或存盘。方法：点击Summary下栏菜单，从中选择一种格式，点击Save键保存检索结果。

要打印检索结果，需使用网络浏览器的打印功能，打印内容仅限于Web页显示的内容。

如果只起显示检索结果，而不显示Web页边框菜单和工具条等，需点击Text键。当检索结果超过一页时，PubMed系统允许从全部检索结果中挑选完记录后一次性存盘，不必选一页存一次。

（2）定购粘贴板中检索结果的全文 定购文献全文需要事先与有关文献外借（Loansome Doc）成员馆签署有关协议，并需付一暄的费用。

要求提供粘贴板中全部记录的文献全文时，可直接点击Order键。要求提供部分文献的全文时，应先选择文献记录（方法：点击该记录左边的选择框，使之显示“（”，再点击Order键。订购过程完成后，粘贴板中的记录仍保持原样不变。

要删除粘贴板中的全部记录，直接点击Remove from Clipboard键。要删除其中部分记录，需要点击要删除的记录左边的选择框，然后点南Remove from Clipboard键。

检索结果的显示、存盘、打印

1．显示检索结果（Displaying）

PubMed系统可用6种不同的格式显示检索结果，其默认Summary格式。打开Summary下拉菜单，从中选择一种预设格式并用鼠标点击，然后点击Display键，系统按所选格式全部检索结果；如果只需要显示其中一部分记录，则需点击该记录左边的选择框，使标记后，再点击Display键；如果只需显示一条记录，则可直接点击该记录中的作者姓名超链，系统会自动显示该记录的文摘格式，在此界面，也可选择其他格式令系统显示。

其中“ASN.1”（Abstract Syntax Notation One）格式是一种国际标准，用于平台之间（包括计算机之间、Pager与计算机，以及许多其他可能的联结设备之间）的相互操作。

点击Text键，系统显示记录的纯文本形式。

点击Show键，可选择每页显示的记录条数。

点击Select Page的数字，显示相应Web页的记录。

2.保存检索结果（Saving）

PubMed系统可用不同的格式（同显示格式）保存检索结果，其默认Summary格式。PubMed系统允许最多可保存5000条记录。

要保存全部检索结果时，打开Summary下栏菜单选择其中一种格式，然后点击Save键；要保存特定记录时，点击记录左边的选择框予以标记后，再点击Save键。

存盘时PubMed默认文件名为“query.fegi”。该文件名可以修改，文件格式也可在“.fegi”和“.txt”中选择。选择.txt格式，便于用文字处理软件和文本编辑器打开所存文件。如果想存为超文本格式，则需要使用Web浏览器的“另存为.....”功能，并选择“.html”格式后再存盘。

3.打印检索结果（Printing）

使用浏览器的打印功能，可打印Web页上显示的检索记录，默认值为20条。若检索结果超过20条，则需修改每页显示的记录数。点击Show键，选择每页显示的条数，然后再打印。系统允许每页多显示500条记录。如果想打印成文本格式，请先点击Text键，然后再打印。